มหาวิทยาลัยธนบุรี เปิดสอนในหลักสูตร/สาขาวิชาต่างๆ ดังต่อไปนี้
หลักสูตรระดับปริญญาตรี
- หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิต
- หลักสูตรเทคโนโลยีบัณฑิต
- หลักสูตรบริหารธุรกิจบัณฑิต
- หลักสูตรบัญชีบัณฑิต
- หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต
หลักสูตรระดับบัณฑิตศึกษา
- หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต
- หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต
- หลักสูตรศึกษาศาสตรมหาบัณฑิต
- หลักสูตรบัญชีมหาบัณฑิต
